国产高性能计算为生物信息研究装上加速器

本报记者 丁云 湖北报道

生物信息学(Bioinformatics)是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一,同时也将是21世纪自然科学的核心领域之一。世界各国对生物信息研究领域高度重视,每年都会有大量资金投入。这不仅仅是因为生物信息能够带来巨大的利润,而且借助于它能够使本国在世界竞争中处于有利位置。

近日,从华中科技大学传来消息,由国产服务器厂商浪潮(北京)电子信息产业公司捐助建设的"华中科技大学-浪潮高性能生物信息中心"正式启用。该中心引进了亚太区第一套基于Infiniband高速互联技术的浪潮天梭TS10000高性能系统,用于生物信息学中的科学计算、模拟和可视化研究,构建大型生物信息数据中心。

天梭TS10000助力生物信息

该系统是建立在浪潮和华中科大在生物信息研究领域密切合作的基础之上,通过运用浪潮公司的天梭TS10000高性能计算机硬件平台,为华中科大从事生物信息科研工作者们提供高速、海量的应用服务。它为生物信息学研究提供了一个基于硬件、软件和数据库集成环境下的统一运行平台。为了更好地帮助华中科大科研工作者们从事生物信息研究,浪潮和该实验室还将进一步在这个领域合作,进行生物信息处理相关的数学模型、算法和应用软件的研究和开发,如此软硬一体的解决方案,大大缩短了我国生物信息研究的周期。

以往从事生物研究的科技工作者需要分别采购硬件和软件组成研究平台之后再开始科研工作。这些分别采购来的软硬件存在不兼容的问题,需要对软件进行繁杂的移植工作以适应硬件环境的运行要求,如此极有可能耽误相关科研进程。浪潮提供的软硬件一体化的解决方案,使科研工作者们无需担心软硬件的相互兼容性,也不需要分头和多个供应商联系维护、培训等业务,大大提高了科研出成果的速度。

与此同时,浪潮还向华中科大捐赠了图形工作站、Intel编译器、性能调优工具、高性能并行数学库等并行开发软件,以及浪潮集群管理软件、浪潮并行文件系统、浪潮高性能负载均衡系统软件等软件系统,并提供相应的研发经费,用于启动实验室的面向生命信息领域的高性能计算应用,建立博士后工作站,共同研究生命信息领域的高性能计算应用。浪潮还提供研发人员与华中科技大学生物医学光子学教育部重点实验室研发人员组成研发团队,共同移植生命科学相关的软件。

前沿应用驱动高性能计算

浪潮北京公司副总经理程志超指出,高性能计算的推广应用涉及到广泛的专业领域,其中有些领域是非常前沿的科研领域--在这些领域中的高性能计算应用系统和应用软件具有多样性、复杂性和专业性的特点,开发相对困难,需要结合相关科研领域的专业知识和高性能计算系统的软硬件知识才能够完成。而其中应用软件的开发,往往又会成为阻碍高性能计算技术和高性能计算产品应用的主要瓶颈。从这个角度讲,高性能计算应用研究以及应用软件主导着这个产业的发展,并决定着这个产业的前景。因此,发展高性能计算的应用和应用软件,迫切需要处在科技前沿的研究单位与掌握高性能计算技术与产品的厂商合作。

浪潮与华中科大的合作,体现了浪潮"弹性部署"的技术思路。不仅如此,浪潮还向华中科大提供了包括技术培训、应用软件开发、博士后研究站等在内的一揽子推动计划,将业界关注的"应用驱动"概念踏踏实实的落到了实地。程志超透露,"华中科大模式"是浪潮高端计算在科研、教育行业的成功典范,即通过与国内生物科学领域的权威研究机构的合作、开发与探索,共同开拓浪潮高性能计算在生物科学领域的应用发展,并将通过这种分领域的广泛合作模式,促进浪潮高性能计算在不同应用领域的应用成熟,最终带动国内服务器品牌在高性能计算领域的长期发展。



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